2007年以来大問３題の構成が定着している。力学、電磁気が各1題、残り1題が熱力学または波動というセットだが、本年の大問１のように、力学と熱力学が融合されたりしている場合もある。「原子」は２００４年以来出題が無いが、新課程となったので、無視することはできない。最大の特徴は、題意・設定が一見してわかるとは言えず、小問の誘導に従いながら、最後までたどり着けば、その大問の主題に「なるほど！」と納得する良問だが、試験場ではまぶしすぎる難問に見えることもあるだろう。しかし、全体の7~8割の小問は1~4行程度の計算で計算できる基本から標準レベルなので、問題文をよく読み、それらを正解することが目標となる。

文法・語彙・慣用表現の占める割合が多いのが慈恵の特徴だ。近年は大問6題のうち4つが知識系、読解問題が1題、和文英訳が1題という構成であった。もっとも、2016年は大問が1つ増え7題となり、長文読解問題の出題が2題となった。語彙・慣用表現には一般的な受験テキストには記載のないかなり難易度の高い問題がある。したがって、知識系の問題に関しては取れる問題をしっかり取っていき、読解問題と英文和訳できっちり得点を確保するという戦略になる。

全範囲から出題される上、高校化学では扱わない物質や理論なども説明文を付けた上で出題してくる。また、物理的な事象も絡めて出題されることもある（平成25年度第1問の気体の膨張に必要なエネルギーなど）。難易度については、文句なしで私大医学部最難関である。

10年分を遡るくらいの過去と昨今とを比較しても、他の医大はどこ吹く風で、出題範囲を限界まで広げておいて受験生の努力のほどを試しているような手強い感じがひしひしと伝わってくる。近年とくに私立医大の生物入試問題として分析されてきている通例のように、生物学の各専門範囲のなかからとくに医学に関連性の強い「動物生理学」に関する分野を強調する流行などはおかまいなしとしているくらいの超然とした姿勢は依然踏襲される。毎年の入学試験（ただし、10年くらい前は1年で前期と後期の2回実施）で展開されていたような総合格闘技的なスタイルが伝統事業のようにと引き継がれているのは受験生の本音としては厄介極まりない。通常、医科単科大学の入学試験では、植生や生態系を扱う「生物の集団」は出題されにくいともっぱらの評判だが、そう楽観して日々の学習を省くこともかなわない。
そういった理由から、東京慈恵会医科大学を受験する予定の志望者は一般の私大医科大学に特化した対策がかえって不利になることは覚悟しておいたほうが身のためである。逆に生物を得意科目として全範囲をまんべんなく学習してきた受験生には有利であろう。
簡単にまとめると東京慈恵会医科大学の出題範囲は、国公立総合大学医学部と同程度で、私大医科大学の標準よりかなり出題範囲は広いといえる。

微分積分をテーマとした問題は、毎年大問で出題されている。その他の分野では、確率、ベクトルに関する問題もよく出題されている。
慈恵医大の特徴としては、数Ⅲからの出題が多く、出題分野にやや偏りが見られる。